Lipid nanobubbles (LNBs) are emerging as next-generation contrast and therapeutic agents. During their interactions with cell membranes, lipids in the shell of LNBs can fuse with cell membranes. Meanwhile, the encapsulated gas molecules also have the chance to penetrate into cell membranes. However, how the fused lipids and penetrated gas molecules modulate the structure and dynamics of membrane lipids and proteins remain poorly understood at the molecular level. Molecular dynamics simulation provides a powerful computational microscopy tool for this problem. Here, I will present our recent preliminary work on developing gas force field parameters (both all-atom and coarse-grained models) and python toolkit for setting up and analyzing molecular dynamics simulations of LNBs.
林绪波，男，东南大学生物医学工程博士（2014）、美国德克萨斯大学休斯顿健康科学中心医学院博士后（2014-2017）、北京航空航天大学（北航）医学科学与工程学院/医工交叉创新研究院副教授/副研究员（2018至今），博士生导师（2019至今）。课题组得到国家自然科学基金面上项目&青年项目、北航第六批青年拔尖人才计划&医工百人人才计划、膜生物学国家重点实验室开放课题等项目的资助，主要围绕纳米医学、膜生物物理学以及计算机辅助药物设计开展基础应用研究。加入北航以来在J. Am. Chem. Soc., Nanoscale, J. Chem. Inf. Model., J. Chem. Phys.等杂志发表通讯作者或第一作者论文25余篇，在Cell, Nat. Cell Biol., Adv. Mater., Biomaterials等杂志上发表其它作者论文多篇。部分工作被著名的生物医学国际组织F1000Prime推荐、遴选为ESI高被引论文以及遴选为J. Chem. Inf. Model.、Langmuir、Medicine in Novel Technology and Devices等期刊封面，5篇论文引用大于100次（其中1篇引用近800次）。